В 1806 году Иван поступил на учебу в Иркутскую семинарию, в XIX веке духовные семинарии имелись практически в каждом губернском городе. Вслед за племянником в Иркутск переехал дядя, он овдовел и принял монашеский постриг. Иван часто навещал дядю, который в свободное от послушания время мастерил различные поделки. Свои навыки владениями инструментами дядя передал племяннику, впоследствии они ему очень пригодились.

Чтобы избежать путаницы с полными тезками, а их в семинарии было семь, ректор семинарии дал Ивану Евсеевичу фамилию Вениаминов в честь почившего иркутского архипастыря Вениамина (Багрянского). Тогда такое действие можно было расценить как знак внимания со стороны руководства, семинарское начальство давало новые фамилии лишь лучшим ученикам, а Иван был лучшим.

Во время обучения в семинарии Иван женился на священнической дочери и вскоре был посвящен сначала в диаконский, а потом иерейский сан. Службу он проходил в иркутском Благовещенском храме.

В начале XIX века Аляска и прилегающие к ней острова интенсивно осваивались русскими, полуостров находились под управлением Российско-американской компании (несмотря на название это была исключительно российская компания). А поскольку Иркутская епархия на тот момент простирала свою юрисдикцию на часть Американского континента, Святейший Синод дал распоряжение иркутскому епископу Михаилу (Бурдукову) направить на Алеутские острова священника-миссионера. Из числа многочисленного духовенства епархии желание выразил лишь о. Иоанн. Он «сорвался» с хорошо обустроенного места и вместе с семьей поехал в далекую и суровую Америку.

Более года добирался священник до места своего служения. Когда он приехал на остров Уналашка, то обнаружил, что «жатвы много», а из делателей он один. Чтобы общаться с туземцами и проповедовать на понятном для них языке, о. Иоанн принялся усердно учить алеутский язык. Он значительно преуспел в этом деле, на основе кириллицы о. Иоанн составил алеутский алфавит, на алеутский перевел Евангелие от Матфея и Катехизис митрополита Филарета (Дроздова), к составленным алеутскому и алеутско-кадьякскому букварям приложил заповеди, Символ веры и православные молитвы. Для алеутов он написал «Указание пути в Царствие Небесное», глубоко осмысленную книгу, научавшую новых членов Церкви основам христианской жизни.

Истинная христианская любовь и отеческое отношение очень быстро принесли благие плоды, новокрещеные туземцы регулярно ходили в церковь, соблюдали посты, исповедовались и причащались. Священник-миссионер искоренил дичайший обычай убийства престарелых и больных родителей (сейчас «цивилизованные» страны практикуют это зверство, обозначив его словом эвтаназия), алеуты стали отказываться от многоженства и беспорядочных половых связей.

Ссоры и драки, до этого часто возникавшие между алеутами, практически прекратились. Миссионер избегал любых насильственных методов в своей деятельности, он никогда не заставлял принимать крещение, но ждал, когда сердце человека раскроется евангельским словам.

Попутно с просветительской деятельностью о. Иоанн занимался этнографическими изысканиями. Он составил «Записки об уналашкинском отделе Алеутских островов». Научную ценность записок, которые автор скромно назвал материалами для будущей истории, высоко оценил писатель Иван Гончаров. Впоследствии исследования священника образовали 3-х томный серьезный научный труд, который был удостоен Демидовской премии.

В 1834 году о. Иоанн был переведен на остров Ситку (остров Баранова). В тот год управляющий Российско-американской компанией барон Ф.П. Врангель получил предложение от американских протестантов по организации миссии на Аляске, но отверг его. Врангель хотел, чтобы среди тлинкитов – индейцев, проживающий на юго-востоке Аляски, распространялось именно православие, поэтому перевел в Новоархангельск, административный центр острова, уже успевшего зарекомендовать себя о. Иоанна.

В 1838 году о. Иоанн отправился в Петербург ходатайствовать об открытии в Северной Америке духовной миссии. Паства увеличивалась, нужно было строить новые храмы, нужны были священники для постоянного окормления новокрещеных алеутов.

Когда о. Иоанн находился в Петербурге, он получил известие о кончине супруги. После долгих размышлений о. Иоанн решил принять монашеский постриг. Он был пострижен митрополитом Филаретом (Дроздовым) с именем Иннокентий в честь Иркутского святителя Иннокентия (Кульчицкого). 15 декабря 1840 года Иннокентий (Вениаминов) был посвящен в епископский сан и назначен в новообразованную Камчатскую, Курильскую и Алеутскую епархию.

Епископ Иннокентий, как и в бытность свою простым священником, лично совершал часто рискованные поездки по своей обширной епархии. Он открывал новые приходы и рукополагал к ним священников, которые занимались просвещением местного населения. На Аляске была основана Нушагакская миссия с центром в Ново-Александровском редуте, на реке Анадырь – Анадырская миссия, в междуречье Куикпака (Юкона) – Куикпакская миссия, среди юпиков и атабасков – миссия Кускокуима, он поддержал деятельность основанной Кенайской миссии. Во время путешествия по Камчатке епископ Иннокентий учредил Гижигинскую миссию.

После вхождения в 1853 году Якутской области в Камчатскую епархию владыка переехал в Якутск. Здесь он прожил 7 лет. За это время было воздвигнуто около 20 храмов и благоустроены уже существующие, при храмах были открыты церковно-приходские школы. Русским священником-миссионером Дмитрием Хитровым был составлен якутский алфавит и грамматика. Его труд впоследствии привел к формированию якутского литературного языка.

Святитель Иннокентий считается одним из основателей города Благовещенска. 9 мая 1858 года вместе с генерал-губернатором Восточной Сибири Н.Н. Муравьевым в казачьей станице Усть-Зейской он заложил храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Так назывался храм в Иркутске, где он начинал свое священническое служение. По инициативе владыки Иннокентия станица была переименована в Благовещенск. В 1862 году в Благовещенск была переведена его резиденция.

Святитель Иннокентий (Вениаминов) и генерал-губернатор Восточной Сибири Н.Н. Муравьев-Амурский

В 1868 году после кончины митрополита Филарета указом Александра II владыка Иннокентий был назначен митрополитом Московским и Коломенским. Несмотря на свой высокий статус, в общении с подчиненными святитель Иннокентий всегда оставался простым, открытым и терпимым. Святитель основал Православное миссионерское общество, которое имело широкую и разветвленную сеть представительств во многих епархиях Русской Церкви.

Скончался святитель Иннокентий 31 марта 1879 года в Москве, он был погребен рядом с могилой своего предшественника святителя Филарета в храме святого Филарета Милостивого Троице-Сергиевой лавры.

Значение понесенных им трудов неоценимо. Благодаря проповеди сына простого сельского пономаря десятки народов Сибири, Дальнего Востока и Америки, алеуты, тлинкиты, курильцы, кадьяки, эскимосы, кентайцы, чугачи, камчадалы, олютоцы, коряки, чукчи, тунгусы, якуты, нигидальцы, манчьжуры, самогирцы, гольды, гиляки и многие другие были приобщены к Церкви Христовой. Поистине святитель Иннокентий совершил подвиг равный апостольскому.